Cisterciácký klášter v Sedlci byl založen v letech 1142–1143 jako nejstarší klášter této řehole v Čechách. Tvořil protiváhu k budoucímu městu, vznikajícímu do určité míry neorganizovaně až chaoticky, a byl samostatně opevněným sídlem s přesně vymezenými vnitřními zónami.

Ve srovnání s ostatními kláštery té doby však až do sklonku 12. století nepředstavoval příliš významné centrum, a dokonce se v roce 1278 uvažovalo o jeho zrušení. To se rázem změnilo nástupem opata Heidenreicha v letech 1282–1283, který byl schopen vytěžit maximum z významné polohy kláštera vůči novému báňskému centru, a především ze skutečnosti, že velké území, na kterém se začalo dolovat, patřilo právě jemu. Klášter profitoval také z lázní a špitálů, které mu patřily, a prostřednictvím malínské fary uplatňoval patronátní právo k nově vznikajícím kaplím a kostelům. Opat Heidenreich nechal zcela přebudovat klášterní areál, jehož středem se stal vrcholně gotický konventní chrám na katedrálním půdorysu. Za jeho éry se stal sedlecký klášter nejbohatší církevní institucí v Čechách, tohoto postavení však využívali i čeští panovníci, kteří nakonec klášter zadlužili, a po Heidenreichově smrti se již z dluhů nevymanil.

V roce 1421 byl klášter vypleněn husitským vojskem a budovy vypáleny. Chrám stál 280 let bez střechy a kleneb, než kolem roku 1700 přistoupil k celkové obnově kláštera opat Jindřich Snopek, který přizval k obnově chrámu architekta Jana Blažeje Santini-Aichela, který zde poprvé realizoval osobitý historizující styl barokní gotiky.

Po zrušení kláštera v roce 1783 se budovy a statky kláštera rozprodaly, bývalý konventní kostel se stal farním a původně laický kostel sv. Filipa a Jakuba v roce 1817 zanikl. K zachování celistvosti kláštera nikterak nepřispěl prodej budov nového konventu u bývalého konventního kostela pro účely tabákové továrny ani budov starého konventu, později zámečku a kostnice rodu Schwarzenberků. Pozdější zástavba rodinných domků v 19. a 20. století a násilné rozšíření silničního průtahu v roce 1978 původně jednotný areál kláštera definitivně roztříštilo.